رئیس جمهور همچنین پیام تسلیتی در این باره صادر کرد که متن آن در زیر می آید:

بسم ‌الله الرحمن الرحیم
انا لله و انا الیه راجعون
درگذشت مرحوم دکتر ابراهیم یزدی، موجب تأثر و تألم خاطر شد.
در سال‌های سیاه استعمار خارجی و استبداد ستمشاهی که تشکیل حکومت دینی و احیای کرامت انسانی آرزویی دست نیافتنی می‌نمود، دکتر یزدی جزء پیشگامان مبارزه در محافل دانشگاهی به شمار می‌آمد. وی در ایام هجرت امام راحل به فرانسه در کنار آن حضرت بود و بعد از پیروزی انقلاب نیز در دستگاه اجرایی و مجلس شورای اسلامی انجام وظیفه نمود.
اینجانب این ضایعه را به خانواده محترم و نزدیکان ایشان تسلیت می‌گویم و از درگاه ایزد منان برای آن مرحوم رحمت واسعه و برای عموم بازماندگان صبر و اجر مسألت دارم.
حسن روحانی
رییس جمهوری اسلامی ایران